羊肚菌的最佳食用方法有多種，例如：
素炒羊肚菌：首先把羊肚菌清洗乾淨再泡發，然後把要用到的大蒜切片，青紅椒切絲，再切點洋蔥。熱鍋下油，大蒜爆香，加入羊肚菌翻炒，再依次加上青紅椒、洋蔥繼續翻炒，只需加上鹽、雞精，最後淋上澱粉水翻炒幾下收汁就可以裝盤了。
羊肚菌燉排骨：羊肚菌先用水浸泡30分鐘，然後清洗乾淨，同時排骨飛水洗淨。鍋里加入少量油，放入處理好的排骨煸炒，同時放入薑片大蒜蔥段冰糖炒出香味，加入適量老抽、生抽、蚝油翻炒均勻，接著倒入處理好的羊肚菌翻炒均勻。倒入沉澱好的原湯大火煮開，小火慢燉45分鐘，燉至排骨酥爛脫骨時，轉大火收乾湯汁，撒蔥花即可出鍋。
此外，還有羊肚菌雞湯、羊肚菌花膠湯、羊肚菌瘦肉湯等做法。在烹飪時可根據個人口味靈活調整食材和調料的使用量。