聚丙烯醯胺凝膠電泳的原理主要基於以下幾個方面：
分子篩效應。聚丙烯醯胺凝膠具有網狀結構，這種結構使得不同分子量的生物大分子（如蛋白質和DNA）在電場中以不同的速率遷移，從而實現分離。
電場驅動。在電場的作用下，帶電樣品在凝膠中泳動，由於分子大小、形狀和所帶電荷量的不同，它們在凝膠中的遷移速率和距離也有所差異，從而實現樣品分離。
凝膠孔隙大小的影響。凝膠的孔隙大小會影響樣品分子的浸透和遷移，較大分子難以通過凝膠孔隙，因此遷移較慢；相反，較小分子則可以更快地通過凝膠孔隙，從而遷移更快。
聚丙烯醯胺凝膠電泳分為非變性聚丙烯醯胺凝膠電泳和變性聚丙烯醯胺凝膠電泳兩種類型。非變性聚丙烯醯胺凝膠電泳適用於保持蛋白質完整性的分析，而變性聚丙烯醯胺凝膠電泳則通過加入SDS等變性劑使蛋白質去摺疊，從而消除蛋白質結構差異，主要依據分子量大小進行分離。