肽的表示方法主要有兩種類型，分別是單字母和三字母方式。
單字母方式：一個字母表示一個胺基酸，便於記錄和書寫。目前通用的單字母規則主要是比較常見的20種胺基酸，胺基酸用大寫字母(L-胺基酸)表示。例如A表示L-丙氨酸(Alanine)、C表示L-半胱氨酸(Cysteine)和G表示L-甘氨酸(Glycine)。如果胺基酸的結構變化，例如D-丙氨酸(Alanine)，在用單字母表示時，我們則用小寫字母表示。例如D-丙氨酸(Alanine)用a表示，D-異亮氨酸(Isoleucine)用i表示和D-甲硫氨酸(Methionine)用m表示。
三字母方式：三個字母代表一個胺基酸，並且三字母和前面提到的單字母是一一對應關係。三個字母中，第一個字母大寫，第二和第三個字母小寫，如丙氨酸(Alanine)用Ala表示、半胱氨酸(Cysteine)用Cys表示。
無論是哪一種方式書寫，只要同屬於一條肽鏈，它要表達的多肽結構便是相同的。為防止出現解析爭論，國際上一致規定：多肽的N端(氨基端)在最左邊，多肽的C端(羧基端)在最右邊。