當腐竹發霉時，首先應該將發霉的部分徹底去除，留下沒有發霉的部分。如果腐竹的發霉程度不嚴重，可以將其放在陽光下暴曬。曬乾後，對於發霉十分輕微的腐竹，可以在食用前進行水煮或用清水清洗處理；如果發霉稍多，可以使用軟毛刷輕輕刷掉霉斑，然後拍掉霉變物，再進行其他除菌處理。
此外，腐竹也可以通過油炸的方式進行清潔。在油炸前，應先用清水洗刷去絕大部分霉斑，然後瀝乾水分。將腐竹投入滾燙的油鍋中炸至焦黃，注意不要炸糊。
需要注意的是，雖然清洗和某些處理方法可以去除黴菌，但並不能完全保證腐竹的安全性。黴菌可能已經擴散到肉眼看不見的部分，且黴菌產生的細胞毒素可能對健康造成影響。因此，如果腐竹發霉嚴重，建議丟棄，不再食用。
為了預防腐竹發霉，應正確保存腐竹。可以將腐竹完全曬乾後密封保存，或放入冰櫃冷藏，確保與空氣隔絕，避免受潮和發霉。