膜蛋白提取的方法有多種，主要包括以下幾種：
細胞破碎和離心。使用冷熱交替法、反覆凍融法、超聲破碎法、玻璃勻漿法、自溶法或酶處理法使細胞破碎，然後通過梯度離心獲得含有膜蛋白的組分。例如，使用液氮研磨組織，加入勻漿緩衝液和蛋白酶抑製劑，接著進行差速離心或蔗糖密度梯度離心，收集特定密度的組分，即可得到膜蛋白。
使用去污劑。使用去垢劑（如SDS、Triton X-100）選擇性分離膜蛋白。這種方法適用於大多數膜蛋白的提取，但需要考慮對蛋白質後續純化步驟的影響。
膜蛋白色譜。利用色譜技術，如高效液相色譜(HPLC)或離子交換色譜，結合去垢劑（如SDS）溶解膜蛋白後進行純化。
順序抽提法。使用不同溶解能力的溶劑逐步提取細胞內不同性質的蛋白。
離心管柱法。利用離心管柱技術分離細胞組分，包括質膜等，此方法起始材料需求量少，適用於多種套用。
利用矽膠珠提取。通過將細胞暴露於陽離子矽膠珠，矽膠珠會包被並粘附在細胞表面，然後通過梯度離心分離出細胞膜。
此外，在提取過程中，加入溶菌酶和蛋白酶抑製劑等試劑可以增強提取效率。選擇具體方法時需考慮蛋白質的性質、純化需求以及實驗條件。