芝士碎的保存方法取決於預計的使用時間和芝士類型。對於短期內使用的芝士碎（幾天內），建議將其放置在冷藏環境中，以保持其新鮮度和柔軟質地。冷藏的芝士碎便於撒在披薩、意麪、沙拉等食物上。
對於大量購買但計劃較長時間內使用的芝士碎，冷凍是一箇更好的選擇。冷凍可以延長芝士的保質期，使其保存數箇月而不變質。需要注意的是，冷凍後的芝士碎在解凍後可能會稍微溼潤，但這不會影響其使用。
具體到不同種類的芝士碎，奶油芝士碎和帕門森芝士碎可以在排出空氣後進行冷藏保存。馬蘇裏拉芝士碎則建議裝進保鮮袋中放入冷凍室保存，使用前需先放到冷藏室中解凍。
爲了方便使用和長期保存，可以使用保鮮膜將每份芝士碎包成小球狀後冷凍。這樣每次使用只需取出一箇球解凍，避免了反覆冷凍解凍的問題，同時也能長期儲存。