芽孢染色法主要用於區分和識別細菌中的芽孢和菌體。這種方法基於細菌的芽孢和菌體對染料的親和力不同，通過使用不同的染料進行染色，使得芽孢和菌體呈現不同的顏色，便於在顯微鏡下觀察和區分。通常使用的染料包括孔雀綠和番紅。具體步驟如下：
準備菌體。首先，需要準備含有芽孢的細菌懸液，如枯草芽孢桿菌或其他芽孢桿菌。
染色。在潔淨的載玻片上滴加孔雀綠染液，覆蓋固定的菌膜塗片，然後在火焰上加熱，使染液冒蒸汽但勿沸騰，加熱約4至5分鐘，或使用飽和孔雀綠水溶液染色10分鐘。
脫色。傾去染液，待玻片冷卻後，用水沖洗至無孔雀綠色為止。
復染。用番紅水溶液復染1分鐘，之後用水洗淨。
觀察。待玻片乾燥後，在油鏡下觀察，芽孢呈綠色，而菌體呈紅色。
這種方法特別適用於觀察和研究細菌的芽孢形成過程，以及在醫學、生物學等領域中識別不同類型的細菌。