菌子的烹飪方法多種多樣，可以根據個人口味選擇不同的做法，以下是一些常見的菌子烹飪方法：
乾炒。急火快炒，油量適中，可以放水或加湯煸炒至熟。以取香為主要目的，常用乾辣椒、青辣椒、大蒜等調料，也可以加入火腿、臘肉、香腸、蝦仁等配料。
滾湯。先放少量油煸炒後，再放入水或湯煮，也可以將水或湯燒開後再放入菌類。注意湯水不宜過多，調味料要清淡，以突出鮮醇的口感。
扣蒸。將原料整齊碼放在碗中，上蒸籠蒸熟後反扣在盤中。可以塗抹一些雞肉泥、魚肉泥、蝦肉泥或蛋清等含膠元蛋白質的物質。
生炸。用油多火旺的方法，原料加熱前一般先用調味品醃製，然後下油鍋炸至色澤金黃或水分收乾。
生煎。將原料切成厚片，放在鍋中用中至小火慢慢煎熟，油不宜多。
燒烤。將菌直接放在火上烤至成熟，注意火力大小以防燒焦，不塗抹油脂以保持原汁原味的鮮香。
掛糊炸。將原料包裹上澱粉或蛋糊後放入油鍋中炸至外焦里嫩。
涼拌。生的原料或晾涼的熟原料切成小塊或條狀，加入調味品調拌均勻。
除了單獨烹飪，菌類也可以與其他食材搭配，如與肉炒、燉湯、油炸等。例如，香菇油菜是一道常見的家常菜，將香菇和油菜炒合後調味；醬香口蘑是一種美味的烹飪方法，將口蘑切片後與香蔥、甜麵醬等調料一起炒煮；香菇燜雞翅是將雞翅和香菇一起燉煮的美味菜餚。此外，還有一些小技巧，如清洗菌菇時最好不要泡水，以免破壞口感；在烹飪菌菇時，可以加入雞一起燉湯，使湯更加鮮美。