菌株的保存方法主要有以下幾種：
斜面保存法。該方法包括滅菌、接種和保存三個步驟。首先，準備營養瓊脂或其他適宜的瓊脂培養基並加熱溶解，然後分裝至試管中或倒平板。接種時，使用一次性接種環在菌表面挑取菌落，進行之字形劃線，接種於斜面培養基或平板培養基。培養後，將培養好的平板或斜放置於2到8攝氏度的條件下冷藏保存。這種方法適用於一般菌株，但連續傳代可能導致基因突變或雜菌污染。
石蠟油低溫保藏法。這種方法是在長好的斜面菌上覆蓋滅菌的液體石蠟，以菌體與空氣隔絕，使菌處於生長和代謝停止狀態。石蠟油還能防止水分蒸發，在低溫下達到較長期的保藏菌種的目的。保藏溫度要求在-4℃到4℃之間。
甘油凍存法。首先準備20%的甘油溶液。接種後，將甘油與已培養好的斜面菌種混合，然後分裝。對於長期保存，建議在零下80℃下保存。甘油管冷凍保藏法是將培養好的斜面菌種製成高濃度的菌懸液與滅菌甘油混合（甘油濃度約為10%~30%），然後於-70℃下凍存。
甘油-生理鹽水保存液法。這種方法使用體積比為8：2的甘油-生理鹽水混合物與新鮮培養的菌體肉湯混合，然後保存於-20℃冰櫃。
這些方法適用於不同類型的菌株，選擇合適的保存方法取決於菌株特性和保存需求。