菌株是指從同一物種中分離出的不同純種培養物，它們在遺傳上有所區別，並且能夠對人體或環境產生特定的作用。例如：
乳酸菌和雙歧桿菌是常見的益生菌菌株，它們可以改善腸道菌群平衡，增強免疫力，促進營養物質的吸收，降低血清膽固醇含量，預防心血管疾病，以及緩解乳糖不耐症等。
植物乳桿菌具有抑菌特性，可以抑制致病菌，降低血脂，提高機體抗氧化能力。
羅伊氏乳桿菌能夠特異性結合併排出體內的幽門螺桿菌，從而對抗感染。
此外，菌株還廣泛套用於農業和工業領域，例如枯草芽孢桿菌和乳酸菌群可以增加作物抗逆性、固氮、分解有機物、促進植物生長，以及提高土壤肥力。