製作菌肥通常涉及液體生物菌肥和固體生物菌肥兩種類型。以下是具體的製作方法：
製作液體生物菌肥。首先準備有機廢棄物（例如菜葉、果皮、豆渣等），以及糖、水和發酵劑。將這些材料混合放入一個密閉容器中進行發酵。發酵完成後，將液體過濾，並可加入適量的氮、磷、鉀等肥料元素，製成液體生物菌肥。
製作固體生物菌肥。同樣以有機廢棄物為基礎，但需加入土壤、發酵劑和水，混合後放入密閉容器中進行發酵。發酵完成後，將固體菌肥晾乾並粉碎成粉末，即可製成固體生物菌肥。
此外，使用生物菌肥時，可以將其施用於土壤中以增加土壤肥力和促進植物生長。施用方法包括將生物菌肥與土壤混合，或者稀釋後噴灑在植物表面。