菌落大小不一的現象可以從多個角度解釋。首先，一個菌落實際上包含了不同代次的菌種，這些菌種的活性可能存在差異。例如，當菌種經過凍乾保存後再復活時，這種活性差異可能會表現出來。此外，對於營養要求較高的菌種，如苛養菌，培養基的配方和原材料的選擇都可能影響菌落的大小一致性。例如，流感嗜血桿菌和B群菌在更換原材料後，菌落大小不一的問題得到了改善。
菌落的大小不僅取決於細菌的大小，還與細菌的生長條件有關。如果細菌生長條件適宜，發育良好，數量多，菌落就可能長得較大。另外，如果平板沒有均勻分布細菌，導致細菌聚集在一起形成成片的菌落，也可能造成菌落看起來較大的錯覺。
菌落的形狀和大小也受到周圍環境的影響。如果菌落靠得太近，由於營養物質有限和有害代謝物的分泌與積累，它們的生長可能會受到抑制。因此，在平板分離菌種時，互相靠近的菌落通常較小，而分散開的菌落則較大。
綜上所述，菌落大小不一可能是由於菌種活性的差異、培養條件的不一致、原材料的選擇以及菌落間相互影響等多種因素造成的。