蘋果公司的組織結構經歷了從傳統的業務部門結構向功能性組織的轉變。1997年，史蒂夫·賈伯斯重返蘋果時，公司採用了傳統的業務部門結構，每個部門都有自己的損益責任。賈伯斯回歸後，推動公司進行了一系列改革，包括將公司轉變為一個功能性組織，這個組織結構將專業知識與決策權結合起來，使公司能夠更好地整合資源和提高效率。
20世紀初，蘋果公司進一步最佳化了其組織結構。到了2019年，蘋果的組織結構包括設計、硬體工程、硬體技術、軟體、服務、機器學習和人工智慧、市場行銷、市場信息、運營、銷售、零售、人力資源、財務、法務、企業信息、環境社會和責任、公司發展等17個一級職能部門。這種組織結構下，每個單位的高級副總裁負責的是職能而不是產品，能統管所有部門的只有CEO。
這種功能性組織結構強調跨部門的協作和專家領導，而不是按照產品或業務部門來劃分。隨著技術的發展和市場環境的變化，蘋果公司也在不斷調整其組織結構以適應新的挑戰和機遇。