蜂蜜發酵的處理方法取決於發酵的嚴重程度。以下是不同發酵程度蜂蜜的處理方法：
輕微發酵。蜂蜜發酵不嚴重時，可以通過隔水加熱到60℃左右，並保持半小時來殺死酵母菌，這樣可以去除上面的泡沫，並恢復蜂蜜的穩定性，處理後的蜂蜜可以用於其他用途，如發膜或沐浴露，以利用其營養成分。
中度發酵。蜂蜜發酵到中度時，可以考慮將蜂蜜放在冰箱中冷藏或冷凍保存，低溫環境可以減緩酵母菌的活動，防止進一步發酵，這種方法不會破壞蜂蜜的活性成分。
嚴重發酵。如果蜂蜜發酵嚴重，出現強烈的酸味、酒味或氣泡，質地變得稀薄，那麼建議不要再食用。嚴重的發酵通常意味着蜂蜜中的糖分已經轉化成酒精和其他化學物質，這時候可以將蜂蜜稀釋後用作花肥。
此外，爲了防止蜂蜜發酵，應確保將蜂蜜存放在乾燥、陰涼、避光的地方，並使用密封容器保存。避免將蜂蜜暴露在高溫或高溼度環境中。