蜂巢蜜是一種營養豐富的天然食品，可以通過多種方式食用：
直接咀嚼。取出小塊蜂巢蜜直接放入口中咀嚼，等甜味消失後吐掉巢殼，這樣可以充分吸收蜂巢蜜的營養。
含服。將蜂巢蜜撕成小塊放在舌頭下面含服，類似於含糖塊。
泡水飲用。將蜂巢蜜放入40攝氏度以下的溫水中，攪拌至溶解後飲用，這是較受歡迎的方式。
炒雞蛋。將蜂巢蜜烘乾後磨成粉末，用於炒雞蛋。
泡酒或泡醋。將蜂巢蜜放入高度白酒或食醋中浸泡，一段時間後飲用，具有滋補作用。
入藥煎服。蜂巢蜜也可以用於藥用煎煮。
此外，還可以將蜂巢蜜與檸檬汁、優酪乳、奧利奧碎等其他食材搭配製作成不同風味的美食。需要注意的是，腹瀉患者、胃炎患者等在食用蜂巢蜜時應遵循醫囑，避免因不當食用加重症狀。