貝加爾湖是一箇生物多樣性極高的湖泊，擁有許多獨特的生物種類。以下是一些貝加爾湖中的生物：
淡水海豹：貝加爾湖中的淡水海豹數量特別多，它們喜歡成羣結隊活動，每年仍可捕獲近5000頭。淡水海豹是如何來到貝加爾湖中定居的，目前還是一箇謎。
海綿：貝加爾湖底生長着高達1～15米的海綿，這些海綿形成了一箇類似叢林的生態系統，爲其他生物提供了棲息地。奇形怪狀的龍蝦就藏在這個“叢林”裏。
端足類動物和扁蟲：貝加爾湖擁有200多種端足動物和80多種扁蟲，其中包括一些與環境色彩混爲一體的雜色斑駁端足類動物，以及體長達38釐米的巨扁蟲，這是世上罕見、也是最大的扁蟲。
鱘魚：貝加爾湖的鱘魚已經完全變成淡水魚了，這在其他湖泊裏是找不到的。
其他海洋生物：在淡水湖的貝加爾湖中生活着海豹、鯊魚、海綿等許多海洋生物，顯示了貝加爾湖的獨特性。
貝加爾湖的生物多樣性對於進化科學具有不可估量的價值，它擁有世界上種類最多和最稀有的淡水動物羣之一。湖中有植物600種，水生動物1200種，其中四分之三爲貝加爾湖特有的，形成了其獨一無二的生物種羣。