《賽德克巴萊》的故事背景設定在台灣的賽德克族人，在面臨日本拓荒者（日本人）的侵略壓迫之際，他們被迫將世代居住的美麗山脈讓出。但日本拓荒者野蠻占領了他們的土地，並且逼迫他們到馬納法沼澤區去居住。面對如此困境，賽德克族人並沒有選擇屈服，而是積極對抗，與日本拓荒者進行了長期的抗爭。
這個故事講述的是男主角莫那魯道帶領族人，與日本拓荒者進行的衝突與復仇，是一部描述民族精神的歷史史詩。故事通過刻畫原始社群的血緣、地緣、親緣、婚約等關係，勾勒出社會組織的形態和他們在戰爭中的策略與同盟。此外，故事也通過對個體人物的刻畫，展現出莫那魯道家庭的親情、友情、愛情以及在面對外族侵略時的家國情懷。
這個故事表現了賽德克族人堅韌不拔的精神和對土地的深深眷戀，也展示了他們對和平的追求和對公正的堅守。同時，它也表達了對自由、尊嚴和生命的尊重，以及對和平生活的嚮往。整個故事充滿了對民族精神的頌揚和對人性光輝的讚美。