《遊戲王》故事大綱大致上可以分為兩個部分，第一部分是故事的主線，主要講述主角遊作從一個對決鬥毫無興趣的普通人，如何在一系列遭遇與機緣下，與各種神秘卡片和角色相遇，最終成長為一名場上的決鬥者，以及如何與一度陷入黑暗的摯友真崎杏璃子一起帶領團隊，挑戰被社會普遍歧視的“無用手牌遊戲”，逐漸改變周圍人對決鬥的認知。
第二部分則是關於混沌戰士和其持有者六武眾卡組的展開。這部分故事以更快的節奏和更強烈的情感描繪了更多的角色對決，以及他們如何面對命運的挑戰。
故事中，遊作通過不斷的努力和冒險，最終戰勝了各種困難，不僅實現了自己的夢想，也幫助身邊的人找到了自己的道路。他的人格魅力和決鬥實力贏得了眾多冬粉的喜愛和支持，成為了真正的英雄。
此外，《遊戲王》也包含許多友情、親情、愛情等情感元素，這些元素貫穿整個故事，讓故事更加生動和感人。這些元素在遊作與真崎杏璃子、海馬瀨人、城之內克雷、貝卡斯等人的友情和羈絆中得到了充分的展現。這些角色之間的情感糾葛和成長經歷讓整個故事更加豐富多彩。