酒精（乙醇）的消毒原理主要基於其對微生物的蛋白質產生變性作用，從而殺死細菌和病毒。乙醇能夠滲透進微生物的細胞膜，破壞其酶系統，並導致蛋白質變性，抑制微生物的生長和代謝活動。
不同濃度的乙醇溶液具有不同的消毒效果，其中75%的乙醇溶液在臨床上最為常用，因為它能夠有效地滲透細胞膜並使蛋白質變性，同時不會在細菌表面形成保護膜，從而確保更好的消毒效果。而更高濃度的乙醇（如95%）則可能導致蛋白質迅速凝固，在細菌表面形成保護膜，反而降低消毒效果。
除了消毒作用外，乙醇還具有揮發性和穿透力，能夠迅速吸收細菌蛋白的水分並使其脫水凝固，進一步增強其殺菌效果。然而，乙醇的刺激性較強，對於一些疼痛敏感的患者或敏感部位（如眼睛、鼻子等）使用時需謹慎。