酵素梅的食用方法多種多樣，可以直接用溫水送服，以避免使用過熱的水，減少營養成分的流失。酵素梅也可以與其他食物混合食用，例如：
優酪乳。與優酪乳一起食用可以幫助腸道蠕動，有利於排便。
水果或蔬菜汁。與蘋果、香蕉、獼猴桃、菠菜、芹菜、黃瓜等混合製作成果汁，有助於清除體內多餘脂肪和促進排便。
檸檬水或蜂蜜水。與檸檬水或蜂蜜水一起食用可以促進營養吸收，增強減肥效果。
酵素梅的食用時間可以根據個人習慣和胃腸功能來決定。如果胃腸功能良好，可以在飯前或飯後食用，空腹時食用可以更好地發揮作用。但如果胃腸功能較差，建議在飯後半小時或一小時後食用，以避免不適。一般來說，酵素梅的推薦食用量為每日1到2粒，但應遵循醫囑或產品說明進行適量食用。
需要注意的是，酵素梅不應空腹食用，以免引起腹痛。此外，為了達到最佳效果，建議多喝水和多運動。如果需要長期使用酵素梅，建議在醫生的指導下進行。