酶的底物是酶促反應中酶發揮催化作用的對象，即參與反應並被轉化的物質。 酶只能識別一種或一類特定的底物，並催化特定的化學反應，這種性質稱為酶的底物專一性，例如，蛋白酶的底物是蛋白質，酯酶的底物是酯類。酶與底物之間通過特定的結合位點進行反應。