治療錦鯉水黴病的方法主要包括以下幾個步驟：
準備藥浴。使用亞甲基藍溶液進行藥浴，可以在一箇容器中接入一些原缸水，將亞甲基藍溶解到水中直至呈現深藍色，然後將病魚放入進行藥浴。
藥浴時間。藥浴時要注意打氧，每天進行一次，每次藥浴一到兩小時，持續兩到三天。
隔離病魚。在藥浴期間，儘量將病魚單獨隔離，如果有條件，可以將魚隔離在能見到太陽光的地方。
升溫加鹽。由於10°到15°是水黴病菌最適宜的溫度，因此需要提高魚缸溫度至30度，同時加入專用的錦鯉鹽，以降低滲透壓。在此期間禁食錦鯉。
換水稀釋。兩三天後更換魚缸中的一半水分，之後逐漸恢復正常換水稀釋掉亞甲基藍，並可根據錦鯉的狀態調整溫度並恢復餵食。
需要注意的是，雖然孔雀石綠對水黴病有很好的治療效果，但由於其對人有害，已經被禁用。此外，也有建議在藥浴後隔離時添加少量維生素C，但這一點並未在上述方法中提及。