電子病歷系統，英文簡稱爲EMR，即Electronic Medical Record的縮寫，是一種應用系統環境。它主要用於運用科學和基礎的醫學知識對患者的病歷進行存儲、整理。醫護工作人員能夠通過計算機查詢出病人的電子病歷，同時也能根據電子病歷的共性和規律分析典型病歷。
電子病歷系統是醫學專用軟件，醫院通過電子病歷以電子化方式記錄患者就診的信息，包括首頁、病程記錄、檢查檢驗結果、醫囑、手術記錄、護理記錄等等，其中既有結構化信息，也有非結構化的自由文本，還有圖形圖象信息。涉及病人信息的採集、存儲、傳輸、質量控制、統計和利用。
美國國立醫學研究所將電子病歷定義爲：基於一箇特定系統的電子化病人記錄，該系統提供用戶訪問完整準確的數據、警示、提示和臨牀決策支持系統的能力。電子病歷的實施基礎條件由於完整的電子病歷不單是許多人所認爲的用計算機書寫病歷，更是病人整個信息的總集成；包含了原紙張病歷的所有靜態信息，以及其他由於數字化帶來的各種功能擴展和相關服務(影像資料、多媒體動態錄像、診斷知識庫、藥品知識庫、查詢功能等)，在電子病歷上表現是有文字、表格、數字、圖片、聲音、影片等多種數據格式的完整統一的多媒體臨牀醫療數據庫。