《音速小子3》的攻略如下：
選關。在標題畫面輸入上、下、下、下、左、右，然後按住A鍵和START鍵。
無敵及角色變更。在標題畫面輸入上、C、下、C、下、C、下、C、左、C、右，然後按住A鍵再按START鍵，開始遊戲後鬆開A鍵即可無敵。在遊戲中按A鍵可以使索尼克變身為各種寶。
結局畫面。在標題畫面輸入C七次，然後再輸入上、下、下、下、左、右兩次，再按住A鍵和START鍵。
慢動作。在標題畫面輸入C、C、上、下、下、下、左、右，然後在遊戲中暫停，這時A鍵是復位、B鍵是慢動、C鍵是逐格放送。
獲得5萬分。開始遊戲後在29秒內衝到終點即可。
連續獲得1UP。在第6關第一個區域，使索尼克站在警報機處，按住下並按住A鍵進入超級衝刺狀態，然後於警報響起的時間內迅速攻擊敵人，便可於極短時間內連續得到1UP。
加速超級衝刺。按住下及A鍵進入衝刺狀態，然後連打A鍵即可。
得到10萬分。在各版面均可，只要於時間為9分59秒時將首腦擊敗即可。
此外，在音樂測試中，按順序收聽特定的樂曲，然後按住A鍵再按START鍵，可以完成特定的變身或獲得其他效果。