飛段的死亡過程如下：
飛段被奈良鹿丸使用計謀擊敗。鹿丸利用了飛段的不死之身能力，通過影子模仿術將飛段引到一箇預先佈置了爆炸符的陷阱中。
飛段對鹿丸發動咒術·死司憑血，但鹿丸早已設下計謀，使用角都的血塗抹在飛段的鐮刀上，使得飛段誤以爲自己擊敗了鹿丸。
隨後，鹿丸使用聚影之術將爆炸符聚集到飛段身上，導致飛段的身體徹底炸碎，僅剩頭部。之後，飛段被活埋於鹿林的深洞裏。
需要注意的是，儘管飛段的身體被爆炸符徹底炸碎，但他作爲不死之身的能力並未因此消失。他的頭顱最終被活埋，但這並不意味着他被徹底消滅。在第四次忍界大戰中，飛段的頭顱被藥師兜用穢土轉生復活，經過戰鬥後被忍者聯軍合力壓制，最終宇智波鼬解開了穢土轉生，飛段的靈魂得以昇天。