馬桶的分類方式有多種，以下是幾種常見的分類方法：
按照功能分類。智能馬桶和非智能馬桶（普通馬桶）。智能馬桶具備更多人性化功能，如座溫調節、自動清洗、暖風烘乾、自動除臭等，但價格相對較高。
按照類型分類。分體式和連體式馬桶。分體式馬桶的水箱和底座分體，價格實惠，不易堵塞，但沖水噪音較大，且存在漏水風險。連體式馬桶外形更大氣，易於清潔，是目前較多家庭選擇的類型。
按照排污方式分類。地排式和牆排式馬桶。地排式馬桶通過地面預埋的排水管排污，安裝簡單，但可能聽到樓下衝水的聲音。牆排式（牆掛式）馬桶的排污口位於牆壁上。
按照沖水方式分類。直衝式和虹吸式馬桶。直衝式馬桶利用水的重力直接沖走髒污，噪音較大，易堵塞。虹吸式馬桶利用虹吸作用產生吸力排污，噪音較小，防臭效果較好，分爲噴射虹吸式和漩渦虹吸式，後者增強了沖水效果。