黑木蕨的繁殖方式主要是通過根狀莖或側枝扦插繁殖。具體來說，可以採用插枝或側枝繁殖。在水下，黑木蕨主要通過根莖繁殖。此外，還有分株方法，例如在黑桫欏樹因自然災害、野獸的殘踏損傷等等原因，被弄斷樹幹後，側生或者叢生許多新的植株，採取分株方式繁殖。還有一種方法是蘆蔸部創傷繁殖方法，即在桫欏蔸基部創傷，人工製造傷口，再使用惡黴利和萘乙酸等等殺菌劑和植物生長調節劑生長素，藥劑處理灌根後，不到兩個月，傷口處會生長出許多新的植株，變成叢生桫欏，再進行分株。還有一種方法是使用桫欏枝梢，通過殺菌劑和生根粉共同浸泡處理後扦插，能夠生根成活，成爲新的植株，但成活率非常低。