黴菌的繁殖方式主要有以下幾種：
營養繁殖：由菌絲中間個別細胞膨大形成的休眠孢子，待環境條件適宜時，萌發成菌絲體，如毛霉屬中的總狀毛霉。
無性繁殖：主要產生節孢子、分生孢子和孢囊孢子。節孢子由菌絲斷裂形成。分生孢子是在菌絲頂端或分生孢子梗上，以類似出芽的方式形成單個或成簇的孢子。孢囊孢子是由氣生菌絲或孢囊梗頂端膨大，在下方生出橫隔與菌絲分開形成孢子囊，在孢子囊內形成孢子。
有性繁殖：主要產生卵孢子、接合孢子和子囊孢子。菌絲分化成卵囊和精囊，由精子和卵配合形成了卵孢子。由兩個相鄰菌絲上的配子囊接合而成接合孢子。子囊菌綱的黴菌經有性配合後，形成子囊，在子囊內產生孢子。黴菌的有性繁殖過程一般分為三個階段：質配、核配和減數分裂。質配是兩個配偶細胞的原生質融合在同一個細胞中，而細胞核並不結合。核配即兩個核結合成一個雙倍體的核。減數分裂是指具有雙倍體的細胞核，經過減數分裂，核中的染色體數目又恢復到單倍體狀態的過程，從而完成一個有性繁殖的周期。
此外，黴菌還可以通過菌絲分裂、端綴出芽等方式進行繁殖。