龍頭觀音的故事有多種版本，以下是其中兩個版本：
版本一：很久以前，海上有一隻小龍，她的左眼突然瞎了，她就四處尋訪高人。終於她找到了一個和尚，和尚幫她把小龍的眼睛治好了。為了報答和尚，小龍把背上的一個石縫告訴了他，裡面藏有觀世音的倒影。於是和尚就雕刻了一尊三隻眼的觀音像，並稱其為“龍頭觀音”。
版本二：在南海普陀山，觀音菩薩顯靈救災龍頭岩，從此人們便建了龍頭觀音像以示敬仰。這個故事講的是，當岩石還被海水覆蓋的時候，普陀的僧人發現了它，但是無法將觀音雕像的原料運回國內。這個時候正好日本的一個船長和他的船員遇到了海難，然後他們順帶也看見了這塊岩石。他立即同意以非常便宜的價格將這塊岩石賣給中國。後來船長不幸又遇到大風被卷到海上的一座孤島上。這座島的主人就命令他把他的財產全部運到島上，於是船長就把這塊岩石的雕刻成觀音像所需要的材料全部運到了島上。島上的主人為了表示友好，還送給他一尊觀音像。船長回國後，將這兩尊佛像帶回了家並供奉起來。
這些故事都表達了人們對觀音菩薩的敬仰和感激之情。