在3DS上運行NDS遊戲有兩種主要方法，使用NDS的正版卡帶或使用NDS燒錄卡。具體如下：
使用NDS的正版卡帶。在3DS上可以直接使用NDS的正版卡帶，只需將卡帶插入3DS主機的卡槽中即可。這種方法可以完美運行，無需額外設定。
使用NDS燒錄卡。這種方法需要購買一張NDS燒錄卡（如R4新銀卡、DS TWO、Gateway等）和一張TF卡。將遊戲ROM下載到TF卡中，然後將TF卡插入燒錄卡，再將燒錄卡插入3DS的卡槽。開機後，應該在桌面上看到燒錄卡的界面，點擊進入後選擇「遊戲」，就可以開始運行下載的遊戲。
此外，還可以通過模擬器在3DS上運行NDS遊戲。首先下載並安裝3DS模擬器，然後將NDS遊戲檔案複製到3DS的記憶體卡根目錄中。這樣設定後，3DS就可以玩NDS遊戲了。但這種方法可能會有一些限制和兼容性問題。