1998年的特大洪水原因如下：
氣候異常。中國位於季風氣候區，季風的規律被打破導致長時間的降雨，特別是長江流域在1998年6月至8月間的降水量比往年增加了三分之一，其中一些地區的月平均降水量超過670mm，是往年平均降水量的5倍以上。
聖嬰現象的影響。1997年發生的聖嬰現象導致東太平洋赤道的水溫持續升高，影響了中國的氣候，導致南北普降大雨，尤其是長江流域的降水量大幅增加。
人類活動的影響。包括過度砍伐森林、圍湖造田、亂占河道等，這些活動削弱了河流的調蓄能力和自然環境的穩定性，從而加劇了洪水的嚴重性。
以上因素共同作用導致了1998年特大洪水的發生。