遊戲《瘟疫傳說：無罪》的故事包含了兩個主線部分以及許多支線情節。這兩個主線部分的主要故事如下：
1. 兄弟姐妹的故事：遊戲從1349年的法國南部的蒙托亞鎮開始，年幼的兄弟姐妹雨果和讓娜在瘟疫肆虐的年代裡相依為命。哥哥雨果身體孱弱，弟弟對世界充滿好奇，而惡疾肆虐的環境卻使他們只能困在自家的宅邸里。兄弟倆不得不利用自己的智慧逃脫險惡的環境，同時嘗試尋找治癒疾病的方法。
2. 讓娜的獨立故事線：這部分故事主要關注讓娜如何獨自面對生活的艱難困苦。在沒有父母幫助的情況下，讓娜需要獨自面對瘟疫的殘酷現實，同時還要保護自己和哥哥雨果。
此外，還有許多支線情節，如雨果和讓娜在逃亡過程中結識的流浪者、神父、流浪藝人等角色，他們為整個故事增添了更多的戲劇性和深度。
總的來說，《瘟疫傳說：無罪》是一個關於瘟疫肆虐年代中的兄弟姐妹的故事，以及一個獨立女孩在困境中求生的故事。這個故事充滿了人性的掙扎、親情、友誼和生存的掙扎，為玩家展現了一個真實而深刻的瘟疫時代。