在After Effects(AE)中保存檔案的方法主要有以下幾種：
使用選單選項。點擊選單欄上的「檔案」(File)選項；選擇「保存」(Save)或使用快捷鍵Ctrl+S(Windows)/Cmd+S(Mac)；在彈出的對話框中選擇保存位置和檔案名稱；確保選擇保存為「.aep」後綴的檔案類型；點擊「保存」按鈕。
使用「另外儲存為」選項。點擊選單欄上的「檔案」(File)選項；選擇「另外儲存為」(Save As)；在彈出的對話框中選擇保存位置和檔案名稱；可以選擇是覆蓋原來的工程檔案或創建一個新的工程檔案。
收集檔案。在AE中使用「檔案」選單中的「收集檔案」選項來收集項目所需的所有素材和檔案，並將它們複製到一個指定的資料夾中。
嵌入素材。如果想要將素材嵌入到AE項目檔案中，以便在移動項目時不丟失連結，可以使用「檔案」選單中的「嵌入」選項。
此外，建議在使用AE項目之前，創建一個資料夾來組織所有的項目檔案，包括素材、音頻、腳本等，並定期備份整個AE項目資料夾。