"刺客信條：起源"的故事設定在古埃及，講述了兩個主要的派系--兄弟會（Brotherhood）和鷹幫（Eagle Covenant）--之間的鬥爭。主角艾雷歐斯（Ares）是一位受僱於兄弟會的刺客，他的任務是保護一位祖先--伊述人阿利克西歐斯（Alcinous），他是埃及的一個傳奇英雄。然而，他的任務並非易事，因為他在保護的過程中發現了一些令人震驚的真相。
首先，艾雷歐斯意識到他似乎與古伊述人（Ancient Uroboros）有著某種聯繫，他們似乎在尋找一種可以拯救埃及免受疾病和戰爭之苦的神秘力量。在探索的過程中，艾雷歐斯遇到了許多人物，包括他的愛人妮可（Nicole），以及他的導師阿蒙（Ammon），他是一位受尊敬的祭司，也是兄弟會的領導者之一。
與此同時，兄弟會和鷹幫之間的鬥爭愈發激烈。鷹幫是由被僱傭的奴隸組成的幫派，他們想要從奴隸主手中獲得自由，但他們的行動引發了埃及社會的混亂和暴動。艾雷歐斯逐漸意識到，他的祖先與這個混亂有著密切的聯繫，而他的使命是確保伊述人的秘密不被揭示給外界，並找到一個平衡力量來保護埃及人民免受痛苦。
故事的最後，艾雷歐斯找到了平衡力量並揭示了真相：伊述人並非邪惡的勢力，他們曾經是一個充滿智慧和和平的種族，但由於被遺忘和背叛，他們陷入了沉睡。艾雷歐斯最終揭示了真相，兄弟會也獲得了信任並被允許保管這個秘密。在故事的高潮中，艾雷歐斯和鷹幫領袖進行了一場決鬥，最終贏得了勝利並拯救了埃及人民。
這個故事強調了個人成長、勇氣、責任和犧牲的重要性，同時也揭示了歷史事件的複雜性和各種勢力之間的衝突。它以一個充滿神秘和冒險的世界為背景，讓玩家沉浸在古埃及的歷史和文化中，體驗刺客和戰士的生活方式。