CAGE分析有兩種不同的含義和套用領域：
物理意義上的CAGE：
定義：CAGE作為一個名詞，指的是用來圍住或關押動物或鳥類的結構。這種結構通常由金屬、木材或網狀物製成，具有一定的空間和門。
起源：這個詞起源於古法語中的 "cage"，最初意為 "籠子" 或 "牢房"。在英語中被廣泛使用，並且可以指代各種類型的囚禁結構。
分子生物學中的CAGE：
全稱：CAGE在分子生物學中代表"cap analysis of gene expression"，是一種用於分析基因表達的技術。
原理：CAGE技術通過在mRNA的5』端「帽子」加上生物素，利用鏈霉親和素對生物素進行捕獲，從而捕獲帶有「帽子」的mRNA。隨後將其反轉錄出5』端完整的cDNA，並通過高通量測序在全基因組範圍內檢測轉錄起始位點（TSS）和基因轉錄情況。
套用：CAGE技術能夠提供樣品中mRNA的5』端快照，實現高通量的基因表達分析以及轉錄起點的圖譜分析。它在FANTOM和ENCODE等項目中得到廣泛套用，幫助鑑定轉錄起點和相關啟動子。
軟體工具：MOIRAI是一個專門為CAGE數據分析設計的工作流程系統，具有圖形界面，便於研究人員創建、修改和運行分析工作流程。它嵌入了圖形化的質量控制指標，使用戶可以評估數據質量並快速發現潛在問題。
綜上所述，CAGE分析既可以指代物理上的籠子結構，也可以指代一種先進的分子生物學技術，用於研究基因表達的5』端特徵。