CFSE（CFDA-SE）染色原理是一種利用螢光染料標記活細胞的方法，主要用於細胞增殖、細胞周期和細胞分裂的研究。
CFSE能輕易穿透細胞膜，在活細胞內與胞內蛋白共價結合，並在細胞內被酯酶水解後釋放出綠色的螢光。在細胞分裂增殖過程中，CFSE的螢光強度會隨著細胞的分裂而逐級遞減，因為標記的螢光可以平均分配至兩個子代細胞中，使得子代細胞的螢光強度為親代細胞的一半。
這種現象使得CFSE特別適用於檢測細胞增殖、估算細胞周期以及研究細胞分裂等方面。此外，CFSE標記的細胞在體內觀察時，螢光可以持續數周，因此它也常被用於活體細胞追蹤檢測實驗和利用螢光電鏡觀察細胞的長期活動。
CFSE進入細胞後主要定位於細胞膜、細胞質和細胞核，其中在細胞核的螢光染色最強，但不影響細胞的增殖能力。