製作CUE檔案的過程通常涉及以下幾個步驟：
準備音頻檔案。首先，需要有一個音頻檔案，通常是APE格式，這個檔案包含了多個音軌。
轉換音頻檔案為WAV格式。使用轉換軟體（如Monkey's Audio或Foobar2000）將APE檔案轉換成WAV格式，以便EAC軟體可以處理。
使用EAC軟體分析WAV檔案並生成CUE檔案。打開EAC軟體，導入轉換後的WAV檔案，EAC軟體會分析音頻檔案並生成CUE目錄檔案，這個過程包括創建新的CUE目錄檔案、生成CUE目錄檔案，以及檢查並可能修正音軌時間。
編輯CUE檔案。在生成的CUE檔案中，可能存在一些錯誤，如錯誤的音軌時間或索引號。需要仔細檢查CUE檔案摘錄中的信息，並刪除或修正錯誤的音軌。
修改CUE檔案的後綴名。如果需要將CUE檔案用於刻錄CD，應將其後綴名改為「.cue」。如果只是用於播放，可以保持「.wav」或將其改為「.ape」。
此外，還可以在CUE檔案中添加額外的信息，如專輯標題和藝術家名稱，這通常是在CUE檔案的第一行或幾行進行。