製作EM菌的方法有多種，以下是一種常見的製作步驟：
準備材料。淘米水、糖蜜（或紅糖）、過期的牛奶、清水、容器、蓋子、紗布或乾淨的棉布、漏斗、棉球。
製作過程。在容器中加入淘米水、糖蜜或紅糖、過期的牛奶和清水，混合均勻；將混合好的液體蓋上蓋子，放在陰涼避光的地方；觀察液體開始分層後，打開容器，去除上面的凝乳（如果使用的話）；可以通過過濾的方式去除凝乳和雜質，使用紗布或乾淨的棉布進行初步過濾，然後使用漏斗和棉球進行精細過濾；將過濾後的液體放回容器中，密封，放在陰涼處培養一段時間（約1周到1個月），以確保菌群繁殖。
注意，在製作過程中保持衛生是非常重要的，以避免雜菌的污染。還可以加入其他成分，如尿素、食鹽等，以增強效果。不同方法的具體步驟和所需材料可能有所不同。