EM菌（Effective Microorganisms）是一種包含約80種微生物的複合菌劑，由日本琉球大學的比嘉照夫教授於1982年研究成功，並自80年代起投入市場。EM菌主要由光合細菌、乳酸菌、酵母菌、放線菌等組成。這些微生物在土壤中的生存和繁殖能力強，可以快速占據土壤中的生態位置，形成有益微生物的優勢群落，從而控制病原微生物的繁殖，減少對作物的侵襲。EM菌被廣泛套用於農業、養殖、種植、環保等多個領域，在日本、泰國、巴西、美國、印度尼西亞、斯里蘭卡等國取得了明顯的經濟效益和生態效益。
EM菌的主要功能包括促進土壤中的有機質分解，改善土壤環境，增強植物新陳代謝，抑制病原菌，提高作物的光合作用，產生抗菌物質等。此外，EM菌還具有提高飼料轉化率，增強動物免疫力，改善肉蛋奶品質等作用，同時也能用於污水處理和垃圾除臭。
EM菌的使用方法根據具體套用領域和目的有所不同。例如，作為土壤改良劑時，可以促進根系生長，提高土壤肥力，改良土壤結構。在養殖業中，可以提高飼料轉化率，改善動物生長環境，減少藥物使用。EM菌劑可以通過特殊工藝發酵、提純、擴培、噴霧乾燥等步驟生產，其活菌含量高，使用後效果顯著。