FAA檔案有兩種不同的含義：
在生物信息學領域，FAA檔案指的是Fasta Amino Acid file，即所有基因對應的蛋白質序列信息。這種格式的檔案用於存儲和交換序列數據，特別是在生物序列分析和基因組研究中非常常見。FAA檔案包含了蛋白質序列的詳細信息，包括序列標識、序列本身以及序列的注釋信息。
在航空領域，FAA檔案可能指的是美國聯邦航空局（Federal Aviation Administration）的技術性檔案，這些檔案通常遵循14 CFR Chapter I，涵蓋了航空規章條款的實際套用指導。FAA的技術性檔案包括諮詢通告（Advisory Circulars）、指令和提示（Order&Notice）、適航指令（Airworthiness Directives, AD）、表格（Forms）等形式，用於指導航空工業的安全和合規性。
根據上下文，FAA檔案的意義可能會有所不同。在生物信息學中，它是指蛋白質序列的Fasta格式檔案；在航空領域，它是指美國聯邦航空局的技術性檔案。