使用FPE2001修改器的步驟如下：
啟動FPE2001後，在遊戲中按默認的熱鍵（通常是NUM*）激活FPE2001，這會中斷遊戲並切換到FPE2001的視窗界面。
當視窗顯示當前運行的遊戲名稱時，就可以進行遊戲修改。在任務列表中選擇一個任務，在工具列中選擇「更名」，輸入要修改的數值名稱，如HP、MONEY等。
在「分析目標」中填入要查找的數值，點擊「開始」按鈕進行查找。查找後，視窗下方將顯示找到的地址列表。如果找到的地址過多，可能無法顯示所有地址。
回到遊戲，當數值變化後再次激活FPE2001，填入變化後的數值再次查找。此時應只有一個地址被找到（如果仍有多個地址，重複此步驟直到找到單個地址）。
雙擊找到的地址，切換到「表格功能」並打開新視窗。在「鎖定值」中輸入想要的數值。如果希望修改後的數值不變，可以勾選「鎖定」選項。建議不要使用「鎖定」功能，以避免不必要的痲煩。
FPE2001支持同時查找多個數值，最多24組。在任務列表上方的工具籃中點擊「新」，就可以在任務列表中顯示新的任務。
在「表格」功能中，可以修改已找到的地址，並將遊戲中的地址存儲起來。下次運行遊戲時，直接讀取存檔並修改地址，避免再次查找地址的痲煩。