FST分析方法，也稱為群體間遺傳分化指數，是一種衡量種群分化和遺傳距離的方法。FST值的範圍在0到1之間，其中0表示兩個種群間是隨機交配的，基因型完全相似；而1則表示兩個種群是完全隔離的，基因型完全不相似。FST值越大，表明兩個群體之間的分化程度越大，受選擇程度越高。
計算FST的步驟包括：
找出每個亞群的等位基因頻率。
查找複合群體的平均等位基因頻率。
計算每個亞群的雜合度（2pq）。
計算這些亞群雜合度的平均值，這是HS。
根據總體等位基因頻率計算雜合度，這是HT。
最後，計算FST=(HT-HS)/HT。
FST分析適用於亞群體間多樣性的比較，通常基於基因的多樣性來估計，如SNP或microsatellites。它是一種以哈溫平衡為前提的種群遺傳學統計方法。在實際套用中，如果FST值小於0.05，表示群體分化很小；0.05到0.15之間，表示中等程度的分化；0.15到0.25之間，表示較大的分化；0.25以上，表示分化很大。