GUS染色方法通常包括以下步驟：
預處理。將植物組織剪成小片，放入含有90%丙酮的離心管中，常溫處理20-30分鐘。這一步可以固定組織並去除部分葉綠素。
染色。用蒸餾水清洗材料後，加入適量的GUS染色工作液至完全覆蓋材料。將材料包裹在錫箔紙中，常溫下過夜放置。
洗脫。使用不同濃度（25%，50%，70%，95%）的乙醇進行梯度洗脫，每次搖晃20分鐘。
觀察。在白色背景下，肉眼或顯微鏡下觀察，藍色小點即為GUS的表達位點。
此外，在某些情況下，可以使用真空滲入法幫助底物滲入細胞，或者用100%乙醇浸泡直至完全脫色。