H&E染色（蘇木精和伊紅染色）是組織病理學中套用最廣泛的染色技術之一。這種染色方法的基礎是組織結構對不同染料的結合程度不同，染料蘇木精可以將嗜鹼性結構染成藍紫色，而伊紅可以將嗜酸性結構染成粉紅色。其原理如下：
蘇木精染液呈鹼性，能夠將細胞核內染色質與胞漿內的核酸染成藍色或紫色。
伊紅染液呈酸性，能夠將細胞質、細胞外基質中的蛋白質等染成紅色或粉紅色。
H&E染色的步驟如下：
首先對組織進行固定、脫水、包埋和切片處理，然後將切片貼在載玻片上。
染色前，通常使用二甲苯等溶劑去除包埋介質（通常是固體石蠟），然後切片通過分級醇溶液降低濃度並置於水中補水。
接著，將切片浸入蘇木精溶液中對細胞核進行染色，染色強度取決於組織類型、切片厚度、浸泡時間等因素。
用水沖洗後，使用藍色染色液將蘇木精的紅染色變為藍色。
然後進行伊紅染色，伊紅作為蘇木精的復染劑，能差異化地染出紅細胞、膠原，並通過粉色展現平滑肌。
染色後，用水分洗去過量的伊紅，並將染色後的玻片浸入梯度乙醇中，然後浸入二甲苯進行脫水。
最後，使用封片劑封裝切片。
H&E染色的套用非常廣泛，包括疾病診斷（如癌症、傳染病和自身免疫性疾病）、研究細胞和組織結構細節等。