IC卡的製作流程主要包括以下步驟：
系統設計：根據套用系統對卡的安全和功能要求來設計卡內的晶片，包括智慧卡MPU和COS以及儲存容量，設計要經過邏輯模擬、邏輯設計、電路模擬、電路設計以及正確性驗證及版圖設計等。
製作晶片：設計人員將設計好的CPS代碼和版圖提交給晶片製造商，製造商按照工藝和設計過程要求生產多層掩膜版，並在一個圓片上製造出幾百甚至幾千個互相獨立的電路。
割磨圓片：將製作好的圓片進行磨割，確保厚度符合國家規定的IC卡厚度，並將圓片分割為許多小晶片。
微模組製作：將製作好的晶片分別安裝在有八個出點的印製電路的薄片上，形成微模組。
製作卡片：將微模組鑲入卡片中，並進行卡片上的印刷工作。
卡片初始化：在卡片製作好後，需要核對運輸碼，並可以直接寫入秘鑰、密碼及建立檔案等，確保卡片的安全性。
發行：發行前，發行商需要將設備把卡處理為私人化形式，並可以依據套用要求輸入信息，操作完成後便可將卡交付給用戶使用。
以上步驟涵蓋了IC卡從設計到發行的整個過程，每個步驟都對卡的功能和安全性有著重要影響。