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igv使用教程

IGV(Integrative Genomics Viewer)使用教程》如下:

安裝和啟動IGV。在官網下載並安裝IGV,適用於WindowsMacOSLinux作業系統,如果電腦上已安裝Java 11,可以選擇包含Java的版本。

導入數據。打開IGV後,選擇「File」選單中的「Load from File…」選項導入數據檔案,如BAM或TDF檔案,注意,導入的BAM檔案最好位於其對應的索引檔案(.bai)所在的同一資料夾中,如果沒有.bai檔案,可以使用IGV中的igvtools工具生成。

調整界面和查看數據。在主界面中,可以通過點擊不同的按鈕來調整界面,例如,點擊「Tracks」區域旁邊的按鈕來調整顯示模式(如Collapsed、Squished或Expanded),還可以通過點擊「Feature」顯示區域旁邊的按鈕來查看基因組的不同特徵,如外顯子、內含子和基因間隙等。

導航和查看詳細信息。在染色體欄中選擇感興趣的染色體,然後在搜尋框中輸入特定的基因組位置或序列,可以手動輸入染色體編號、特定contigs或scaffolds編號來導航到特定區域,還可以使用快捷鍵來快速導航,如「Ctrl+G」跳轉到基因組中的特定位置。

調整視圖和顏色。在「View」選單中,可以調整視圖偏好(如顏色圖例、圖形表現形式等),在「Tracks」區域,可以右鍵點擊軌道名稱來調整顏色、高度、字型大小等。

下載和列印圖像。在「File」選單中選擇「Save Image」來保存當前視圖的圖像,可以選擇不同的存儲格式和路徑。

此外,IGV還支持多種數據類型,如基因表達、突變、融合、甲基化等,並且提供了一些快捷鍵操作,具體請參考《IGV官方文檔》。