清理iPhone 5s中的垃圾檔案可以通過以下方法進行：
刪除不使用的套用和檔案。在iPhone上，刪除不再使用的套用是一種直接的清理方式，可以通過長按套用圖示，然後選擇「刪除套用」來移除套用和數據，也可以在檔案系統中刪除不再需要的大檔案或圖片。
使用「通用」設定清理快取。在iPhone的設定中，可以通過「通用」>「儲存空間與iCloud用量」>「管理儲存空間」來管理每個套用的存儲空間，在這裡，可以選擇占用空間較大的套用並清理它們的快取。
使用第三方清理工具。雖然蘋果公司不建議使用第三方清理工具，但一些可靠的第三方工具，如Cleaner One，可以幫助清理垃圾檔案和快取，使用這些工具時需要確保來源可靠，避免誤刪重要檔案。
重置應用程式設定。如果刪除了某個套用，但其相關的快取數據仍然保留在手機上，可以通過重置應用程式設定來釋放這些快取占用的空間，在「設定」中，找到「通用」，下拉到底部點擊「還原」，選擇「還原所有設定」。
清理照片和視頻。照片和視頻是占用存儲空間的大頭，可以定期在「照片」套用中刪除不常用的照片和視頻，或將其備份到其他設備上。
關閉後台應用程式。關閉不需要在後台運行的應用程式可以節省存儲空間。
清理Safari瀏覽器快取。定期清除Safari瀏覽器的快取歷史記錄和網站數據可以有效釋放存儲空間。
刪除無用簡訊。定期刪除不再需要的簡訊可以釋放存儲空間。
請根據需要選擇適合的清理方法。