LC-MS/MS（液相色譜-串聯質譜）技術結合了液相色譜（LC）和串聯質譜（MS/MS）的優勢，廣泛套用於複雜樣品分析，如蛋白質組學和代謝組學。該技術的基本原理如下：
樣品首先通過液相色譜系統進行分離。這一步利用多肽或蛋白質在液相中的不同相互作用，如反相、離子交換或親和色譜，將它們分離成單個組分。
分離後的多肽或蛋白質進入質譜儀進行檢測。在質譜部分，樣品被離子化，形成的離子根據它們的質荷比（m/z）進行分離。這一過程中，離子通常會在質量分析器中經歷碰撞誘導解離（CID），產生碎片離子。
串聯質譜（MS/MS）分析這些碎片離子。在第一級質譜（MS）中，前體離子被選擇並進入碰撞室進行碎裂。在第二級質譜（MS/MS）中，分析這些碎片離子，通過對比這些碎片離子的質譜圖與已知資料庫中的肽序列，可以鑑定原始的多肽或蛋白質。
數據分析。通過專門的軟體對質譜數據進行解析和定量，可以得到多肽的序列信息和相對豐度，進而用於蛋白質鑑定和定量分析。
LC-MS/MS技術的優點包括高靈敏度、出色的分離能力和對大分子的有效分析。這些特點使得LC-MS/MS成為研究生物標記物、藥物代謝和蛋白質相互作用等領域的重要工具。