巢式PCR（Nested PCR）是一種分子生物學技術，用於放大特定的DNA片段。它包括兩輪PCR反應和兩套引物，具體如下：
第一輪PCR。使用第一對引物（外引物）對目標DNA片段進行擴增。這類似於標準的PCR反應。
第二輪PCR。關鍵步驟，使用第二對引物（巢式引物），這些引物結合在第一輪PCR產物的內部，從而使得第二輪PCR擴增的片段通常短於第一輪。這種設計使得第二輪PCR更加特異，因為它依賴於第一輪已經擴增出的DNA片段作為模板。
如果第一輪PCR中使用了錯誤的引物導致非特異性擴增，第二輪PCR中這些非特異性產物被再次擴增的可能性大大降低，因為第二輪的巢式引物是設計來識別並擴增位於第一輪產物內部的特定序列的。因此，巢式PCR可以顯著提高PCR的特異性和靈敏度。
此外，巢式PCR還有助於從有限的起始DNA樣本中擴增出足夠的產物用於進一步分析。