RNA胍污染的原因主要包括：
核糖核酸酶(RNA酶)的污染：
RNA酶是導致RNA降解的主要原因，它們能夠催化RNA降解為單核苷酸。即使RNA樣本中微量的RNA酶污染也足以導致其完全降解，從而導致有價值的樣本丟失或干擾實驗。
外源性污染源：
包括實驗用水與緩衝液、槍頭與離心管、酶及其他相關試劑和耗材等。這些物品如果未經過RNase處理，可能會攜帶RNase，從而污染RNA樣品。
實驗大環境的污染，如空氣、灰塵和大多數物體的表面，也可能成為RNA酶的來源。
內源性污染源：
指生物樣品中含有的內源性RNase，這些酶在提取RNA的過程中會迅速降解RNA。
為了預防RNA胍污染，可以採取以下措施：
嚴格控制外源性RNase污染，例如操作人員全副武裝，實驗戴手套，且觸摸門把手、普通物體表面後更換手套；使用專業儀器與試劑，儘量使用RNase-free的試劑和耗材；選擇RNase-free的實驗操作環境等。
最大限度地抑制內源性的RNase，例如通過調整實驗條件和試劑配方，減少內源性RNase的影響。